High-resolution protein-protein docking by global optimization: recent advances and future challenges

یک روش پیوند پروتئین پروتئینی با پروتئین محاسباتی که پیش بینی جزئیات اتمی متابولیسم پروتئین-پروتئین از ساختار پروتئین مونومر است، ابزار ارزشمند برای درک مکانیزم های مولکولی متابولیسم پروتئین و برای طراحی مولکول هایی است که چنین تعاملاتی را کنترل می کنند. در مقایسه با اسکایپ با رزولوشن پایین، اسکایپ با رزولوشن بالا، فضای تطبیقی ​​را در تفکیک اتمی به منظور پیش بینی با جزئیات اتمی بررسی می کند. این اجازه می دهد تا برای برنامه های کاربردی به مشکالت سخت افزاری مشکل تر که شامل تغییرات سازگاری ناشی از اتصال. به تازگی، روش های با وضوح بالا تبدیل شده اند امیدوار کننده تر به عنوان اطلاعات اضافی مانند اشکال جهانی و یا مخاطبین باقی مانده در حال حاضر از آزمایشات و یا داده های توالی / ساختار در دسترس است. در این مقاله بررسی شده، ما پیشرفتهایی را که در طول دهه گذشته ایجاد شده است، به ویژه در مورد روشهای بهینه سازی جهانی که توسط روش های اتصال استفاده می شود، برجسته می کنیم. ما همچنین در مورد دو چالش عمده در دوچرخه های با وضوح بالا بحث می کنیم: پیش بینی انعطاف پذیری ستون فقرات و تعاملات میان آب.