کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8319893 1539347 2015 8 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Protein stability: computation, sequence statistics, and new experimental methods
ترجمه فارسی عنوان
پایداری پروتئین: محاسبات، آمار توالی و روش های تجربی جدید
ترجمه چکیده
محاسبه ثبات پروتئین و پیش بینی جهش های تثبیت کننده باقی مانده بسیار دشوار است، عمدتا به علت عدم توانایی توابع بالقوه، مشکل در مدل سازی آنتروپی و حالت کشش، و چالش های نمونه برداری، به ویژه ساختارهای ستون فقرات. با این حال، طراحی محاسباتی در سال های اخیر برخی از پروتئین های قابل ملاحظه پایدار تولید کرده است، ظاهرا به دلیل نزدیک بودن ایده آل در ساختار و ویژگی های توالی. با احتیاطات، پیش بینی محاسبات پایداری می تواند برای هدایت جهش ها مورد استفاده قرار گیرد و جهش های حاصل از تجزیه و تحلیل توالی اجتناب ناپذیر، به ویژه با استفاده از فیلترهای همگرایی اخیر، به احتمال زیاد بدون تسکین عملکرد، تثبیت می شود. ترکیبی از رویکردهای محاسباتی و آماری با رویکردهای کتابخانه ای، از جمله فن آوری های جدید مانند توالی عمیق و اندازه گیری های پایداری عملکرد، به آینده بسیار هیجان انگیز در آینده نزدیک برای مهندسی ثبات اشاره می کند، حتی با مشکالت محاسباتی باقیمانده.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی زیست شیمی
پیش نمایش مقاله
پایداری پروتئین: محاسبات، آمار توالی و روش های تجربی جدید
چکیده انگلیسی
Calculating protein stability and predicting stabilizing mutations remain exceedingly difficult tasks, largely due to the inadequacy of potential functions, the difficulty of modeling entropy and the unfolded state, and challenges of sampling, particularly of backbone conformations. Yet, computational design has produced some remarkably stable proteins in recent years, apparently owing to near ideality in structure and sequence features. With caveats, computational prediction of stability can be used to guide mutation, and mutations derived from consensus sequence analysis, especially improved by recent co-variation filters, are very likely to stabilize without sacrificing function. The combination of computational and statistical approaches with library approaches, including new technologies such as deep sequencing and high throughput stability measurements, point to a very exciting near term future for stability engineering, even with difficult computational issues remaining.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Current Opinion in Structural Biology - Volume 33, August 2015, Pages 161-168
نویسندگان
,