Assessing the accuracy of physical models used in protein-folding simulations: quantitative evidence from long molecular dynamics simulations

پیشرفت های سخت افزاری، نرم افزاری و الگوریتم های کامپیوتری اکنون امکان شبیه سازی دینامیک مولکولی دقیق و مبتنی بر فیزیک را برای طول کافی فراهم کرده است تا نمونه های متعددی از تاخیر پروتئین را مشاهده کرده و در یک مسیر توازن یکنواخت قرار گیرند. اگر چه چنین مطالعاتی در حال حاضر به ارائه بینش جدید در روند تاخیر پروتئین آغاز شده است، تحقق پتانسیل کامل این رویکرد نه تنها به سرعت شبیه سازی بستگی دارد، بلکه بر دقت مدل های فیزیکی ('نیروی محوری') که بر اساس چنین شبیه سازی ها مبتنی بر در حالیکه داده های تجربی برای مقایسه با تمام ویژگی های قابل توجه در شبیه سازی های پوششی طولانی پروتئین در دسترس نیست، در اینجا بررسی می شود که آیا میدان های نیروی فعلی تولید کننده (و ناتوانی در بازتولید) خواص مربوطه خاصی هستند که ممکن است چنین مقایسه هایی امکان پذیر باشد.