Computational schemes for the prediction and annotation of enhancers from epigenomic assays

شناسایی و اعلان کردن تقویت کننده های تنظیم کننده دیستال برای درک مکانیسم هایی که کنترل بیان ژن و فعالیت های خاص سلولی را درک می کنند بسیار مهم است. تکنیک های توالی نسل بعدی ما یک ابزار هیجان انگیز از تست های ژنوم گسترده ای را ارائه می دهد که می تواند برای پیش بینی و حاشیه نویسی تقویت کننده ها استفاده شود. با این وجود، هر آزمایش با مجموعه خاصی از نیازهای تحلیلی خود همراه است، اگر پیش بینی پیشرفته بهینه باشد. علاوه بر این، ادغام چندین تست ژنوم، اجازه می دهد تا ویژگی های ژنومی مختلف ترکیب شود و می تواند عملکرد پیش بینی را بهبود بخشد. در اینجا، ما تست های تجزیه و تحلیل ژنوم و طرح های تجزیه و تحلیل که برای پیش بینی و حاشیه نویسی تقویت کننده ها استفاده می شود را بررسی می کنیم. به طور خاص، ما بر سه موضوع کلیدی محاسباتی تمرکز داریم: پیش بینی مکان های تقویت کننده، تعیین فعالیت خاص تقویت کننده های سلولی و تقویت کننده های مرتبط با ژن های هدف آنها.