Evolutionary algorithm for metabolic pathways synthesis

ساختمان مسیر متابولیک زمینه فعال تحقیقاتی است که برای درک متابولیسم موجودات زنده ضروری است. روشی متفاوت، عمدتا براساس روشهای جستجوی کلاسیک، برای یافتن توالی خطی واکنشهای ارتباط دو ترکیب وجود دارد. با این حال، محدودیت مهم این روش ها، افزایش چشمگیر درخت های جستجو است که تعداد زیادی ترکیبات و واکنش ها در نظر گرفته شده است. علاوه بر این، چنین مدلهایی، هرگونه واکنش را برای هر واکنش در طی جستجو جستجو نمیکند، و منجر به راهکارهایی میشود که در بسیاری از موارد فاقد قابلیت بیولوژیکی هستند. این کار یک الگوریتم تکاملی جدیدی را ارائه می دهد که اجازه می دهد تا مسیرهای متابولیکی نه تنها خطی، بلکه همچنین شاخه های متفاوتی را جستجو کند که از طریق واکنش های امکان پذیر است که همزمان ترکیب چندین ترکیب را تشکیل می دهند. تست های انجام شده با استفاده از چند مجموعه واکنش نشان می دهد که این الگوریتم قادر به یافتن مسیرهای متابولیکی خطی و شاخه ای امکان پذیر است.