Meta-analysis of Liver and Heart Transcriptomic Data for Functional Annotation Transfer in Mammalian Orthologs

انتقال حاشیه نویسی کاربردی در بین ارتوپد های خانواده چند خانواده می تواند منجر به ناسازگاری های عملکردی شود. ما فرض کردیم که شبکه همکاری بیان کمک خواهد کرد که ارتوپلاسم های عملکردی در میان خانواده های ژن های همولوگ ژن های پیچیده را پیش بینی کند. برای کشف استفاده از داده های تکرار پنهان موجود در حوزه عمومی برای شناسایی عملکرد معکوس از همه متخصصان پیش بینی شده، ما داده های بیان ژنوم گسترده را در کبد موش و موش از بیش از 1500 آزمایش با درمان های متنوع جمع آوری کردیم. ما از روش خوشه بندی فوق العاده گرافی برای تشخیص خوشه های ژن های ارتوپلاسم هم بیان شده در هر دو موش و موش استفاده می شود. ما این خوشه ها را با تجزیه و تحلیل پروفایل های بیان در هر گونه گونه به طور جداگانه تأیید کردیم و نشان دادیم که همپوشانی زیادی وجود دارد. پس از آن ما در ژنهای 18 گروه همولوگ با روابط یک به چند یا بسیاری از روابط بین دو گونه تمرکز کردیم تا بین متخصصین معادل و معادل غیرمعمول تفاوت قائل شویم. در نهایت، روش ما با جمع آوری داده های قلب ترانسکتیکومیکی (بیش از 1400 آزمایش) در موش و موش، برای تایید روش در یک بافت مستقل، مورد استفاده قرار گرفت.