کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8408557 | 1545070 | 2017 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
SigTree: A Microbial Community Analysis Tool to Identify and Visualize Significantly Responsive Branches in a Phylogenetic Tree
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
بیوتکنولوژی یا زیستفناوری
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Microbial community analysis experiments to assess the effect of a treatment intervention (or environmental change) on the relative abundance levels of multiple related microbial species (or operational taxonomic units) simultaneously using high throughput genomics are becoming increasingly common. Within the framework of the evolutionary phylogeny of all species considered in the experiment, this translates to a statistical need to identify the phylogenetic branches that exhibit a significant consensus response (in terms of operational taxonomic unit abundance) to the intervention. We present the R software package SigTree, a collection of flexible tools that make use of meta-analysis methods and regular expressions to identify and visualize significantly responsive branches in a phylogenetic tree, while appropriately adjusting for multiple comparisons.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Computational and Structural Biotechnology Journal - Volume 15, 2017, Pages 372-378
Journal: Computational and Structural Biotechnology Journal - Volume 15, 2017, Pages 372-378
نویسندگان
John R. Stevens, Todd R. Jones, Michael Lefevre, Balasubramanian Ganesan, Bart C. Weimer,