کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
976159 | 933088 | 2010 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Prediction of RNA secondary structures with pseudoknots
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
ریاضیات
فیزیک ریاضی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
We present a new algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots. The method is based on a classification of RNA structures according to their topological genus. The algorithm utilizes a simplified parametrization of the free energies for pair stacking, loop penalties, etc. and in addition a free energy penalty proportional to the topological genus of the pairing graph. Our method can take into account all pseudoknot topologies and achieves high success rates compared to state-of-the-art methods. This shows that the genus is a promising concept to classify pseudoknots.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 389, Issue 15, 1 August 2010, Pages 2987–2992
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 389, Issue 15, 1 August 2010, Pages 2987–2992
نویسندگان
M. Bon, H. Orland,