کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10333038 | 688187 | 2005 | 22 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Designing seeds for similarity search in genomic DNA
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نظریه محاسباتی و ریاضیات
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
This work addresses the problem of designing a seed to optimize performance of seeded alignment. We give a fast, simple algorithm based on finite automata for evaluating the sensitivity of a seed in a Markov model of ungapped alignments, along with extensions to mixtures and inhomogeneous Markov models. We give intuition and theoretical results on which seeds are good choices. Finally, we describe Mandala, a software tool for seed design, and show that it can be used to improve the sensitivity of alignment in practice.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Computer and System Sciences - Volume 70, Issue 3, May 2005, Pages 342-363
Journal: Journal of Computer and System Sciences - Volume 70, Issue 3, May 2005, Pages 342-363
نویسندگان
Jeremy Buhler, Uri Keich, Yanni Sun,