Computational prediction of linear B-cell epitopes in the E5 oncoprotein of the human papillomavirus type 16 using several bioinformatics tools

El virus del papiloma humano (VPH) es una de las infecciones de transmisión sexual más comunes en todo el mundo, que afecta a unos 300 millones de personas cada año. El gen E5 del VPH parece haber coevolucionado con los principales oncogenes E6 y E7 y su presencia en el genoma viral se correlaciona con el riesgo de cáncer. VPH-16 E5 es una oncoproteína con muchas funciones durante la infección del VPH-16. El desarrollo de los métodos computacionales para el descubrimiento de epítopos se convierte en una alternativa a las técnicas experimentales húmedas, con el fin de ahorrar tiempo y costes. En este trabajo las herramientas bioinformáticas: Predict Protein, BCPREDS (AAP, BCpreds y FBCPred), ABCpred, BepiPred, SVMTriP, LBtope, IEDB y LEPS se utilizaron con el fin de elucidar epítopos de células B en la proteína E5 del VPH-16 (VPH-16 E5). La estructura secundaria de la VPH-16 E5 se utilizó para mapear los epítopos de células B predichos en este estudio. Un total de 202 epítopos de células B y 44 epítopos de células B con actividad tumoral se obtuvieron con todas las herramientas bioinformáticas en conjunto. Se observaron diferencias en la proporción de estos epítopos en las 3 α-hélices de la estructura secundaria determinada por Predict Protein. Los epítopos predichos en este estudio podrían facilitar el diseño de futuras vacunas terapéuticas y la comprensión de los mecanismos inmunológicos de VPH-16.