کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
14156 | 1177 | 2007 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Validation of metabolic pathway databases based on chemical substructure search
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی شیمی
بیو مهندسی (مهندسی زیستی)
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Metabolic pathway databases such as KEGG contain information on thousands of biochemical reactions drawn from the biomedical literature. Ensuring consistency of such large metabolic pathways is essential to their proper use. In this paper, we present a new method to determine consistency of an important class of biochemical reactions. Our method exploits the knowledge of the atomic rearrangement pattern in biochemical reactions, to reduce the automatic atom mapping problem to a series of chemical substructure searches between the substrate and the product of a biochemical reaction. As an illustrative application, we describe the exhaustive validation of a substantial portion from the latest release of the KEGG LIGAND database.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biomolecular Engineering - Volume 24, Issue 3, September 2007, Pages 327–335
Journal: Biomolecular Engineering - Volume 24, Issue 3, September 2007, Pages 327–335
نویسندگان
Liliana Félix, Gabriel Valiente,