کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
15456 | 1414 | 2007 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A new protocol of analyzing isotope-coded affinity tag data from high-resolution LC–MS spectrometry
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی شیمی
بیو مهندسی (مهندسی زیستی)
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Isotope-coded affinity tags (ICAT) is a labeling technique that provides insights into quantitative molecular changes. In this paper, we propose a new protocol to identify and analyze ICAT labeled peak pairs in high-resolution LC–MS data. Our major contributions are: (1) we use isotope distance constraint, ICAT distance constraint, and LC-span constraint to identify ICAT labeled peak pairs and (2) we propose to trigger tandem MS/MS scanning based on the ratio estimation value of identified ICAT peak pairs instead of the peak intensity values. Compared with current approaches that choose peaks with high intensity values for tandem MS/MS scanning, the new protocol can improve the scanning efficiency and accuracy.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Computational Biology and Chemistry - Volume 31, Issue 3, June 2007, Pages 215–221
Journal: Computational Biology and Chemistry - Volume 31, Issue 3, June 2007, Pages 215–221
نویسندگان
Weichuan Yu, Junfeng Liu, Chris Colangelo, Erol Gulcicek, Hongyu Zhao,