کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
1994095 | 1064734 | 2009 | 5 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Using generalized ensemble simulations and Markov state models to identify conformational states
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Part of understanding a molecule's conformational dynamics is mapping out the dominant metastable, or long lived, states that it occupies. Once identified, the rates for transitioning between these states may then be determined in order to create a complete model of the system's conformational dynamics. Here we describe the use of the MSMBuilder package (now available at http://simtk.org/home/msmbuilder/) to build Markov State Models (MSMs) to identify the metastable states from Generalized Ensemble (GE) simulations, as well as other simulation datasets. Besides building MSMs, the code also includes tools for model evaluation and visualization.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 49, Issue 2, October 2009, Pages 197-201
Journal: Methods - Volume 49, Issue 2, October 2009, Pages 197-201
نویسندگان
Gregory R. Bowman, Xuhui Huang, Vijay S. Pande,