Diversité génétique d’un génotype rare du virus de l’hépatite A

RésuméBut de l’étudeLe génotype II du virus de l’hépatite A (VHA) est rarement isolé. Entre 2002 et 2007, le centre national de Référence du VHA dans le cadre de son observatoire a identifié six souches de sous-génotype IIA. Un seul patient avait voyagé hors métropole, au Bénin. Dans l’hypothèse d’une origine africaine de ce sous-génotype, nous avons déterminé sa prévalence parmi les souches isolées en 2008 chez les voyageurs au retour d’Afrique, puis caractérisé sa variabilité génétique.Patients et méthodesLes sérums ont été collectés grâce aux données de la déclaration obligatoire. Le génotype viral a été déterminé à partir de l’analyse phylogénétique de la région VP1/2A. La région P1 a été caractérisée pour comparer la diversité génétique du génotype II à celle des autres génotypes.RésultatsEn 2008, cinq sur 54 des souches importées d’Afrique de l’ouest étaient de sous-génotype IIA. De plus, une souche « autochtone » et deux souches africaines ont été isolées respectivement en 2008 et 2009. Au total, 14 isolats (huit Africains et six « autochtones ») ont été analysés. La diversité génétique du génotype II est plus faible que celle des autres génotypes. L’analyse phylogénétique a différencié deux regroupements : l’un incluant uniquement des souches « autochtones » et l’autre comprenant les souches africaines et deux souches « autochtones ».ConclusionLa majorité des souches de sous-génotype IIA isolées en France ont été importées d’Afrique de l’ouest. Le mode de contamination inconnu pour deux tiers des cas « autochtones » suggère une autre origine géographique ou un réservoir français à découvrir.

Purpose of the studyVery few is known on genotype II hepatitis A virus (HAV) since it is rarely isolated. From 2002 to 2007, the French observatory of HAV identified six sub-genotype IIA strains of which one from a patient having travelled to West Africa. To investigate the possible African origin of sub-genotype IIA, we determined its prevalence among French travellers in 2008 and characterised its genetic variability.Patients and methodsThe 2008 mandatory notification records were screened for travel to Africa. Viral genotype was determined on the nucleotide sequencing of the VP1/2A junction region. The P1 region coding for capsid proteins was used to compare the genetic diversity of IIA isolates to those of other genotypes.ResultsIn 2008, five out of 54 patients returning from West Africa were infected by IIA strains and an additional “autochthonous” case was identified. Two more African cases were identified in 2009. A total of 14 IIA isolates (eight African and six “autochthonous”) were analysed. Nucleotide and amino-acid variability of IIA sequences was lower than that of the other genotypes. Phylogenetic analysis revealed the clustering of two “autochthonous” cases with African isolates whereas the other ones belonged to a different lineage.ConclusionMost IIA strains isolated in France are imported by travellers returning from West Africa. However, the unexplained contamination mode of some “autochthonous” cases suggests another geographical origin to discover or a French reservoir to explore.