Génotypage direct rapide des entérovirus dans le liquide céphalorachidien : étude prospective de deux ans au sein d’un laboratoire de virologie clinique

RésuméLes entérovirus (EV – 68 sérotypes) sont associés à diverses pathologies dominées par les infections neuroméningées. Dans les tableaux graves ou les épidémies, le diagnostic moléculaire du genre Enterovirus (région 5′ non codante) doit être complété par l’identification précise du type responsable.ObjectifRéaliser le génotypage des EV directement dans le LCR et confirmer sa faisabilité en conditions réelles au sein d’un laboratoire hospitalier de virologie clinique.MéthodesÀ partir des extraits d’acides nucléiques utilisés pour le diagnostic, le génotypage des EV de l’espèce B (les plus fréquents) a été réalisé par le séquençage du gène 1D codant la protéine de capside VP1 (résultat en deux jours). En seconde intention, les séquences 1A/1B codant VP4/VP2 ont été analysées (résultat en cinq jours).RésultatsLe génotypage direct a identifié les EV responsables de 77 sur 81 méningites (95 %) de janvier 2006 à décembre 2007. Associé au génotypage indirect des souches isolées en culture, il a permis l’identification des EV en cause pour 94 sur 97 (96,9 %) patients. Les sérotypes majoritaires étaient les échovirus 6 et 13 en 2006, le coxsackievirus B2 et l’échovirus 30 en 2007. Un EV71 (espèce A) a été retrouvé chez quatre enfants.ConclusionIntégré à la pratique quotidienne, le génotypage direct des EV dans le LCR identifie en deux à cinq jours l’EV responsable, délai compatible avec la prise en charge des patients, la mise en évidence éventuelle d’un virus variant et la capacité de réponse rapide à une alerte sanitaire.

Enterovirus (EV – 68 serotypes) infections comprise a wide spectrum of clinical presentations including infections of the central nervous system. In severe clinical presentation or epidemics, the precise identification of the involved serotype is necessary.ObjectivesTo perform enterovirus genotyping directly in cerebrospinal fluid (CSF) samples, and to assess its feasibility in a laboratory setting.MethodsEnterovirus genotyping was carried out directly with CSF specimens tested for the diagnostic procedure by amplifying the complete 1D gene encoding the VP1 protein of the HEV-B serotypes (the most frequent) – providing results in two days. Secondly, sequences 1A/1B encoding the VP4/VP2 capsid proteins, respectively, were analysed (results in five days).ResultsDirect enterovirus genotyping allowed the identification of enterovirus involved in 77 out of 81 (95%) meningitis cases between January 2006 and December 2007. In combination with the indirect genotyping of enterovirus isolates, identification of the type was achieved in 94 out of 97 (96.9%) patients included in the study. The most frequent serotypes were echovirus 6 (E6) and 13 in 2006, coxsackievirus B2 and E30 in 2007. Four children presented an EV71 associated meningitis.ConclusionWhen prospectively applied in a laboratory setting, direct enterovirus genotyping in CSF samples allows the identification of the involved enterovirus in two to five days. This time frame is relevant for an optimal patient management, the rapid identification of a new enterovirus variant or in the context of an epidemic alert.