Intérêt de la mise en place de la recherche des gènes vanA et vanB par technique PCR en système clos (Xpert vanA/vanB Cepheid®) dans un laboratoire de microbiologie dans le cadre de la gestion d’une épidémie à Enterococcus faecium résistant aux glycopepti

RésuméObjetFace aux difficultés rencontrées lors de la gestion de deux épidémies à ERG, le laboratoire a étudié l’intérêt de rechercher les gènes vanA et vanB par PCR temps réel en système clos (Xpert vanA/vanB Cepheid®) pour améliorer le délai de réponse, la prise en charge des patients et le contrôle de la transmission croisée.MéthodeDe mars à décembre 2009, 565 prélèvements ont été analysés par PCR, associé à un ensemencement systématique pendant deux mois de 75 échantillons puis culture uniquement des échantillons positifs en PCR pour les gènes vanA et/ou vanB.RésultatsLa sensibilité et la valeur prédictive négative de la PCR étaient de 100 %. La spécificité a été évaluée en contexte et hors contexte épidémique : 69,3 et 76,8 % respectivement. Les variations interservices du taux de faux-positif en phase non épidémique sont moins importantes qu’en phase épidémique. Le taux global de faux-positif de 23,9 %.ConclusionCette technologie est d’intégration facile en routine : résultats en une heure pour quatre échantillons testés versus 72 heures pour la culture. Malgré son coût réactif, elle représente un outil diagnostique important à l’échelle d’un établissement : amélioration de la gestion des lits des zones de regroupement, transferts facilités, adaptation des mesures d’hygiène et de la prise en charge thérapeutique des patients. La culture reste cependant indispensable pour confirmer tout résultat positif obtenu en PCR et suivre épidémiologiquement la sensibilité des souches.

SubjectThe closed system PCR for the rapid detection of vanA and vanB genes (Xpert vanA/vanB Cepheid®) was evaluated in our laboratory, to improve the rapidity of the response and thus the management of patients and isolation measures during two GRE outbreaks.MethodFrom March to December 2009, 565 samples were analysed by PCR associated to bacterial culture initially for all samples for 2 months (n = 75), and thereafter for PCR-positive samples only.ResultsIn this study, sensitivity and negative predictive values of the PCR were 100%. Specificity was evaluated in the presence and absence of outbreak: 69.3 and 76.8% respectively. The variability of false positive rates between units were lower in nonepidemic than during epidemic phase. The global false positive rate was 23.9%.ConclusionThis easy-to-use technology provides rapid results… four samples are tested in 1 h versus 72 h for culture. Despite its reagent cost, it represents an important hospital diagnostic tool: improvement of the management of cohorting areas and patient transfer between units, adaptation of isolation measures and treatments. However, culture remains necessary to confirm any positive result obtained by PCR and for epidemiological surveillance.