کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
431681 | 688613 | 2008 | 13 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Shuffling biological sequences with motif constraints
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نظریه محاسباتی و ریاضیات
پیش نمایش صفحه اول مقاله

چکیده انگلیسی
We study the following problem: given a biological sequence S , a multiset MM of motifs and an integer k, generate uniformly random sequences which contain the given motifs and have exactly the same frequencies of occurrence of k-lets (i.e. factors of length k) of S. We notably prove that the problem of deciding whether a sequence respects the given motif constraints is NP-complete. Nevertheless, we give a random generation algorithm which turns out to be experimentally efficient.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 6, Issue 2, June 2008, Pages 192–204
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 6, Issue 2, June 2008, Pages 192–204
نویسندگان
Romain Rivière, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise,