کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
431681 688613 2008 13 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Shuffling biological sequences with motif constraints
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی کامپیوتر نظریه محاسباتی و ریاضیات
پیش نمایش صفحه اول مقاله
Shuffling biological sequences with motif constraints
چکیده انگلیسی

We study the following problem: given a biological sequence S  , a multiset MM of motifs and an integer k, generate uniformly random sequences which contain the given motifs and have exactly the same frequencies of occurrence of k-lets (i.e. factors of length k) of S. We notably prove that the problem of deciding whether a sequence respects the given motif constraints is NP-complete. Nevertheless, we give a random generation algorithm which turns out to be experimentally efficient.

ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 6, Issue 2, June 2008, Pages 192–204
نویسندگان
, , , ,