کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5417537 | 1506925 | 2009 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
QM/MM study on the mechanism of peptide hydrolysis by carboxypeptidase A
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
شیمی
شیمی تئوریک و عملی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Density functional theory-based QM/MM calculations (B3LYP/CHARMM27) are reported on a reaction path for the initial, rate-limiting, step in amide hydrolysis by Carboxypeptidase A. Obtaining a smooth energy profile with the QM/MM method for this system is difficult, and great care is needed in selecting the initial geometry and the method for optimising the reaction path. The calculations show the importance of the enzyme in stabilizing the tetrahedral intermediate, and suggest that the key step involves simultaneous deprotonation of the nucleophilic water, attack on the substrate carbonyl group, and protonation of the substrate amide nitrogen.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Molecular Structure: THEOCHEM - Volume 898, Issues 1â3, 30 March 2009, Pages 106-114
Journal: Journal of Molecular Structure: THEOCHEM - Volume 898, Issues 1â3, 30 March 2009, Pages 106-114
نویسندگان
Michelle W.Y. Szeto, Jon I. Mujika, Jolanta Zurek, Adrian J. Mulholland, Jeremy N. Harvey,