کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
5675519 1594318 2017 19 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Origins and challenges of viral dark matter
ترجمه فارسی عنوان
ریشه ها و چالش های ماده تاریک ویروسی
ترجمه چکیده
طبقه بندی دقیق ماده تاریک ویروسی - توالی های متاآنژومی که از ویروس ها منشا می گیرند اما به هیچ یک از توالی های مرجع وی ناسازگار نیست - یکی از موانع عمده در تعریف جامع ویرو است. بسته به نمونه، ماده تاریک ویروسی می تواند از هر نقطه بین 40 تا 90 درصد از توالی ها تشکیل شود. این بررسی متکی بر ماهیت خاص ماده تاریک است که به توالی ویروسی مرتبط است. ما سه عامل را تعیین می کنیم که به وجود ماده تاریک ویروسی کمک می کند: انحراف و طول توالی ویروس، محدودیت های طبقه بندی مبتنی بر هماهنگی و نمایش محدودی از ویروس ها در پایگاه داده های مرجع مرجع. سپس ما روش های فعلی را که تا حدودی جزئی از این محدودیت ها بوده است، مورد بحث قرار می دهیم و در نتیجه میزان ماده تاریک ویروسی را کاهش می دهیم.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری ایمنی شناسی و میکروب شناسی ویروس شناسی
چکیده انگلیسی
The accurate classification of viral dark matter - metagenomic sequences that originate from viruses but do not align to any reference virus sequences - is one of the major obstacles in comprehensively defining the virome. Depending on the sample, viral dark matter can make up from anywhere between 40 and 90% of sequences. This review focuses on the specific nature of dark matter as it relates to viral sequences. We identify three factors that contribute to the existence of viral dark matter: the divergence and length of virus sequences, the limitations of alignment based classification, and limited representation of viruses in reference sequence databases. We then discuss current methods that have been developed to at least partially circumvent these limitations and thereby reduce the extent of viral dark matter.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Virus Research - Volume 239, 15 July 2017, Pages 136-142
نویسندگان
, ,