کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5905315 | 1159875 | 2015 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A genome survey sequencing of the Java mouse deer (Tragulus javanicus) adds new aspects to the evolution of lineage specific retrotransposons in Ruminantia (Cetartiodactyla)
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
LTRBDDFSupplementaryGenome surveyCetartiodactylaBWAERVtRNATHRChrRTEALANumtSNCBIDNA - DNA یا اسید دزوکسی ریبونوکلئیکAdenosine - آدنوزینalanine - آلانینAlpine - آلپSINE - آنهاBLAST, basic local alignment search tool - ابزار پایهای برای جستجوی برهم نهیهای موضعی، بلاستdeoxyribonucleic acid - اسید deoxyribonucleicRNA - اسید ریبونوکلئیکribonucleic acid - اسید ریبونوکلئیکglutamic acid - اسید گلوتامیکtransfer RNA - انتقال RNARetrotransposition - انتقال مجددBlast - انفجارthreonine - ترئونینLong terminal repeat - تکرار طولانی مدتLINE - خط LINEEndogenous retrovirus - رتروویروس اندوژنsupp - سوپcytosine - سیتوزینBLAT - شمارنده بالاFig - شکلfigure - شکلlong interspersed elements - عناصر طولانی درهم و برهمTransposable elements - عناصر قابل حملShort interspersed elements - عناصر کوتاه مضرTransposable element - عنصر قابل حملNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیmya - میاMitochondrial - میتوکندریاmillion years ago - میلیون سال پیشNucleotide - نوکلئوتیدkilo bases - پایه های کیلوگرمیGlu - گلو
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Ruminantia, the ruminating, hoofed mammals (cow, deer, giraffe and allies) are an unranked artiodactylan clade. Around 50-60 million years ago the BovB retrotransposon entered the ancestral ruminantian genome through horizontal gene transfer. A survey genome screen using 454-pyrosequencing of the Java mouse deer (Tragulus javanicus) and the lesser kudu (Tragelaphus imberbis) was done to investigate and to compare the landscape of transposable elements within Ruminantia. The family Tragulidae (mouse deer) is the only representative of Tragulina and phylogenetically important, because it represents the earliest divergence in Ruminantia. The data analyses show that, relative to other ruminantian species, the lesser kudu genome has seen an expansion of BovB Long INterspersed Elements (LINEs) and BovB related Short INterspersed Elements (SINEs) like BOVA2. In comparison the genome of Java mouse deer has fewer BovB elements than other ruminants, especially Bovinae, and has in addition a novel CHR-3 SINE most likely propagated by LINE-1. By contrast the other ruminants have low amounts of CHR SINEs but high numbers of actively propagating BovB-derived and BovB-propagated SINEs. The survey sequencing data suggest that the transposable element landscape in mouse deer (Tragulina) is unique among Ruminantia, suggesting a lineage specific evolutionary trajectory that does not involve BovB mediated retrotransposition. This shows that the genomic landscape of mobile genetic elements can rapidly change in any lineage.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 571, Issue 2, 25 October 2015, Pages 271-278
Journal: Gene - Volume 571, Issue 2, 25 October 2015, Pages 271-278
نویسندگان
S. Gallus, V. Kumar, M.F. Bertelsen, A. Janke, M.A. Nilsson,