کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6116655 | 1216358 | 2015 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Minimum information for reporting next generation sequence genotyping (MIRING): Guidelines for reporting HLA and KIR genotyping via next generation sequencing
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
KirCSBIUPACGTRGRCOIDVCFIMGTHIPAAURIEMBLIPDSSPENASFFdbGaPSBTSSOPNCBIGenotype ListNGSIUBMBInternational Union of Biochemistry and Molecular Biologysequence-specific primingEuropean Molecular Biology Laboratory - آزمایشگاه زیست شناسی مولکولی اروپاHuman leukocyte antigen - آنتی ژن لوسکسی انسانHLA - آنتیژن گلبول سفید انسانیInternational Union of Pure and Applied Chemistry - اتحادیه ی بین المللی شیمی محض و کاربردیData standards - استانداردهای دادهISO - ایزوImmunogenetics - ایمونوگنیکEuropean Nucleotide Archive - بایگانی هسته ای اروپاBAM - بمGenotyping - تعیین ساختار ژنتیکیNext generation sequencing - توالی نسل بعدیSra - خانمSequence Read Archive - دنباله آرشیو را بخوانیدInternational Organization for Standardization - سازمان بین المللی استاندارد سازیvariant call format - فرمت تماس نوعیHealth Insurance Portability and Accountability Act - قانون قابلیت انتقال و مسئولیت بیمه سلامتNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیSequence-specific oligonucleotide probe - پروب الیگونوکلئوتید خاصی را دنبال می کندInternational Electrotechnical Commission - کمیسیون بین المللی الکتروتکنیکIEC - کمیسیون مستقل انتخاباتkiller-cell immunoglobulin-like receptor - گیرنده ایمونوگلوبولین مشابه سلول قاچاق
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
ایمنی شناسی و میکروب شناسی
ایمونولوژی
پیش نمایش صفحه اول مقاله

چکیده انگلیسی
The development of next-generation sequencing (NGS) technologies for HLA and KIR genotyping is rapidly advancing knowledge of genetic variation of these highly polymorphic loci. NGS genotyping is poised to replace older methods for clinical use, but standard methods for reporting and exchanging these new, high quality genotype data are needed. The Immunogenomic NGS Consortium, a broad collaboration of histocompatibility and immunogenetics clinicians, researchers, instrument manufacturers and software developers, has developed the Minimum Information for Reporting Immunogenomic NGS Genotyping (MIRING) reporting guidelines. MIRING is a checklist that specifies the content of NGS genotyping results as well as a set of messaging guidelines for reporting the results. A MIRING message includes five categories of structured information - message annotation, reference context, full genotype, consensus sequence and novel polymorphism - and references to three categories of accessory information - NGS platform documentation, read processing documentation and primary data. These eight categories of information ensure the long-term portability and broad application of this NGS data for all current histocompatibility and immunogenetics use cases. In addition, MIRING can be extended to allow the reporting of genotype data generated using pre-NGS technologies. Because genotyping results reported using MIRING are easily updated in accordance with reference and nomenclature databases, MIRING represents a bold departure from previous methods of reporting HLA and KIR genotyping results, which have provided static and less-portable data. More information about MIRING can be found online at miring.immunogenomics.org.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Human Immunology - Volume 76, Issue 12, December 2015, Pages 954-962
Journal: Human Immunology - Volume 76, Issue 12, December 2015, Pages 954-962
نویسندگان
Steven J. Mack, Robert P. Milius, Benjamin D. Gifford, Jürgen Sauter, Jan Hofmann, Kazutoyo Osoegawa, James Robinson, Mathijs Groeneweg, Gregory S. Turenchalk, Alex Adai, Cherie Holcomb, Erik H. Rozemuller, Maarten T. Penning, Michael L. Heuer,