کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6129472 | 1222158 | 2015 | 4 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Ensuring backwards compatibility: traditional genotyping efforts in the era of whole genome sequencing
ترجمه فارسی عنوان
تضمین سازگاری عقب مانده: تلاش های ژنتیکی سنتی در عصر توالی کامل ژنوم
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
سازگاری برگشتی، استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متسییلین، تایپ اسپورت، استافیلوکوک اورئوس، توالی کامل ژنوم،
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
ایمنی شناسی و میکروب شناسی
میکروب شناسی
چکیده انگلیسی
When using next-generation whole genome sequencing (WGS), extraction of spa types from WGS data is essential for backwards compatibility with Sanger sequencing-based spa typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). We evaluated WGS-based spa typing with a 2Ã250 bp protocol in a diverse collection of 423 MRSA isolates using two pipelines that executed sequence quality-trimming and de novo assembly before spa typing. The SeqSphere+ pipeline correctly typed 419 isolates (99.1%) whereas the CLCbio pipeline succeeded in 249 isolates (58.9%). In summary, WGS combined with an optimized de novo assembly enables nearly full compatibility with Sanger sequencing-based spa typing data.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Clinical Microbiology and Infection - Volume 21, Issue 4, April 2015, Pages 347.e1-347.e4
Journal: Clinical Microbiology and Infection - Volume 21, Issue 4, April 2015, Pages 347.e1-347.e4
نویسندگان
S. Bletz, A. Mellmann, J. Rothgänger, D. Harmsen,