کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6874795 | 688209 | 2014 | 25 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Algorithms for topology-free and alignment network queries
ترجمه فارسی عنوان
الگوریتم برای نمایش داده های شبکه و هماهنگ سازی توپولوژی
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
پرس و جو شبکه رایگان بدون توپولوژی، تقسیم پرس و جو شبکه، زیست شناسی محاسباتی، الگوریتم پارامتریک، هومورفیسم زیرگرافی،
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نظریه محاسباتی و ریاضیات
چکیده انگلیسی
In this article we address two pattern matching problems which have important applications to bioinformatics. First we address the topology-free network query problem: Given a set of labels L, a multiset P of labels from L, a graph H=(VH,EH) and a function LabelH:VHâ2L, we need to find a subtree S of H which is an occurrence of P. We provide a parameterized algorithm with parameter k=|P| that runs in time Oâ(2k) and whose space complexity is polynomial. We also consider three variants of this problem. Then we address the alignment network query problem: Given two labeled graphs P and H, we need to find a subgraph S of H whose alignment with P is the best among all such subgraphs. We present two algorithms for cases in which P and H belong to certain families of DAGs. Their running times are polynomial and they are less restrictive than algorithms that are available today for alignment network queries. Topology-free and alignment network queries provide means to study the function and evolution of biological networks, and today, with the increasing amount of knowledge regarding biological networks, they are extremely relevant.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 27, July 2014, Pages 29-53
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 27, July 2014, Pages 29-53
نویسندگان
Ron Y. Pinter, Meirav Zehavi,