Understanding the quantum mechanical properties of hydrogen bonds in solvated biomolecules from cluster calculations

در اینجا ما از ترکیبی از نیروهای مولکولی مکانیک و مقادیر اولیه برای محاسبه اولیه برای مطالعه تعامل هیدروژن پیوندی در خوشه های پپتید آب کوچک هیبرید مربوط به دانه های زیستی بزرگ استفاده می کنیم. سطوح انرژی بالقوه بازجویی از تعاملات زوج، ساخته شده از زمینه های نیروی زیستی محبوب و مدل های آب، در مقایسه با کسانی که از اصول اولیه هستند، نسبتا خوب است. ما همچنین اهمیت سه تعامل بدن در پپتید پپتید و پیوند هیدروژن پپتید آب را مورد بررسی قرار می دهیم و نشان می دهد که آنها می توانند بین 4 تا 19 درصد انرژی کل تعامل ایجاد کنند. با استفاده از تجزیه تجزیه انرژی ما نشان می دهد که این اغلب از پراکندگی بسیاری از بدن تشکیل شده است. تغییرات ناشی از تغییرات توپولوژی شبکه و اعوجاج ارتعاشات پروتون ها است.