Complete virus capsid at all-atom resolution: Simulations using molecular dynamics and hybrid molecular dynamics/hydrodynamics methods reveal semipermeable membrane function

شبیه سازی کامل کپسید ویروس در جزئیات اتمیستی با استفاده از دینامیک مولکولی استاندارد و همچنین متدولوژی های پویایی مولکولی / هیدرودینامیکی هیبرید اصلی انجام شده است. نتایج نشان می دهد که کپسید در محلول آب در دمای اتاق پایدار است و ترکیب یون ها مشابه شرایط فیزیولوژیکی است. تجزیه و تحلیل دقیق جریان مولکول های آب و یون ها از طریق دیواره کپسید انجام می شود. این نشان می دهد که یون ها از پوسته کپسید عبور نمی کنند، در حالی که آب جریان های قابل توجهی را در هر دو جهت نشان می دهد. این رفتار را می توان به عنوان غشای نیمه معلق طبقه بندی کرد و می تواند نقش مهمی در خواص مکانیکی ذرات ویروس داشته باشد.