Dynamics of flexible peptides under the action of an electrostatic field in the gas phase

داده های اسپکترومتری تحرک یونی پپتید های انعطاف پذیر بستگی به دمای گاز بافر دارد. مشاهده شده است که تعداد قله های توزیع زمان ورود ممکن است متفاوت باشد، در حالی که موقعیت قله ها ممکن است با دمای تغییر کند. چنین تغییراتی به شرایط سازنده در شرایط آزمایش بستگی دارد. حرکت و پویایی پپتید از طریق یک روش شبیه سازی دینامیک مولکولی غیر همبستگی است که به ساختار ماکرومولکول خم شده بستگی دارد. یک مدل مولکولی خاصی از یک حالت خمشی در نظر گرفته شده است که بستگی به پتانسیل تعامل زاویه ای دارد. سازگاری مشاهده شده با در نظر گرفتن حداقل ضرایب محلی در پتانسیل مدل معرفی می شود. همانطور که شبیه سازی دینامیک مولکولی حاصل می شود، جمعیت سازه های متاستاز در زمان تغییر در مبادله انرژی در طی تعاملات اتمی یونی تغییر می کند. توزیع زاویه مربوطه به درجه حرارت و قدرت میدان بستگی دارد. ما متوجه می شویم که حرکت مشاهده شده از سازنده های پپتیدی می تواند با استفاده از پتانسیل مدل تجربی دقیق و به طور پیش فرض رفتار یون ها در میدان های الکتریکی قوی پیش بینی شود. این روش می تواند خواص متوسط ​​مانند سرعت و انرژی یون، و همچنین توزیع مولکولی و خواص دینامیکی مانند توابع همبستگی سرعت را تولید کند. ما انتظار داریم که این روش برای مکرومیکالهای انعطاف پذیر مانند یک حالت خم شدن به کار رود.