کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8340023 | 1541188 | 2018 | 16 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Efficient computation of co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Riboswitches form an abundant class of cis-regulatory RNA elements that mediate gene expression by binding a small metabolite. For synthetic biology applications, they are becoming cheap and accessible systems for selectively triggering transcription or translation of downstream genes. Many riboswitches are kinetically controlled, hence knowledge of their co-transcriptional mechanisms is essential. We present here an efficient implementation for analyzing co-transcriptional RNA-ligand interaction dynamics. This approach allows for the first time to model concentration-dependent metabolite binding/unbinding kinetics. We exemplify this novel approach by means of the recently studied I-A 2â²-deoxyguanosine (2â²dG)-sensing riboswitch from Mesoplasma florum.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 143, 1 July 2018, Pages 70-76
Journal: Methods - Volume 143, 1 July 2018, Pages 70-76
نویسندگان
Michael T. Wolfinger, Christoph Flamm, Ivo L. Hofacker,