کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8340220 | 1541220 | 2016 | 4 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
AptaPLEX - A dedicated, multithreaded demultiplexer for HT-SELEX data
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Here we present AptaPLEX, a standalone and platform independent demultiplexer specifically designed for HT-SELEX data. Given the multiplexed data from one or multiple HT-SELEX experiments, AptaPLEX extracts and restores aptamers into the original selection cycles by identifying the barcode and primer regions in each read. AptaPLEX is capable of fuzzy matching for both the barcode and primers, and automatically corrects mismatches between forward and reverse reads for paired-end data. Our software provides a rich set of additional features and can easily be integrated into existing analysis automation pipelines on multiple platforms ranging from desktop machines to cloud based solutions.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 106, 15 August 2016, Pages 82-85
Journal: Methods - Volume 106, 15 August 2016, Pages 82-85
نویسندگان
Jan Hoinka, Teresa Przytycka,