کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8644405 | 1569759 | 2018 | 34 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Integrating proteomic and transcriptomic analyses of loquat (Eriobotrya japonica Lindl.) in response to cold stress
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
DEPsDEGsRbHClusters of Orthologous Groups of proteinsPALRNA-seqblastxITRAQCHSNCBIS6PDHCTABCOGs - COG هاLC-MS/MS - LC-MS / MSCold stress - استرس سردCetyltrimethyl ammonium bromide - استیلتریال آمونیوم برومیدisobaric tags for relative and absolute quantification - برچسب های ایزوباریک برای اندازه گیری نسبی و مطلقTranscriptome - ترانسکریپتومRNA sequencing - ترتیب RNAKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes - دایره المعارف کیوتو ژن ها و ژنوم هاANS - سالanthocyanidin synthase - سنتاز آنتوسیانیدینchalcone synthase - سنتاز چالکونCoefficient of Variation - ضریب تغییرLiquid chromatography-mass spectrometry - طیف سنجی جرم کروماتوگرافی مایعphenylalanine ammonia-lyase - فنیل آلانین آمونیاک-لیائازLoquat - لوکاتNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیGene ontology - هستیشناسی ژنیProteome - پروتئومDifferentially expressed proteins - پروتئین های متفاوتی بیان شده استDifferentially expressed genes - ژن های متفاوت بیان شده است
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
The expression levels of many genes and the related proteins change and regulate physiological and metabolic processes that help the plant survive harsh environmental conditions under cold stress. Damage due to cold and freezing conditions often causes dynamic loss of loquat fruits in cultivated parts of northern China. To illustrate the mechanism of cold tolerance in the loquat, we combined the transcriptomic analysis with isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ) and RNA sequencing (RNA-Seq) data from loquat leaves under 4â¯Â°C treatment. The results showed 122,081 genes and 1210 differentially expressed genes (DEGs), while only 4582 proteins and 300 differential proteins (DEPs) were identified. Functional annotation and Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis indicated that metabolic pathways and biosynthesis of secondary metabolites were the two most common pathways in transcriptional and translational processes in this study. Comparison analysis of the transcriptomic and proteomic profiles, only 27 of 3620 genes were found to be shared both in DEGs and DEPs. Further validation with Real-Time Quantitative RT-PCR analysis showed that the genes expression of NADP-dependent D-sorbitol-6-phosphate dehydrogenase, anthocyanin synthase and phenylalanine ammonia-lyase were consistent with the pattern of transcriptome profile, which suggested that these three genes might play vital roles in cold tolerance in loquat.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 677, 30 November 2018, Pages 57-65
Journal: Gene - Volume 677, 30 November 2018, Pages 57-65
نویسندگان
Xiaoming Lou, Huakun Wang, Xiaopeng Ni, Zhihong Gao, Shahid Iqbal,