کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8644738 | 1569767 | 2018 | 29 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Transcriptome profile analysis reveals the ontogenesis of rooted chichi in Ginkgo biloba L.
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
NCBIGH3CYCD3ORFsACL5Cyclin D3RNA-seqCoGbHLHmRNADEGsC2H2qPCRbasic helix–loop–helix proteincDNA - cDNAComplementary DNA - DNA تکمیلیESTs - EST هاmessenger RNA - RNA messengerBasic Local Alignment Search Tool - ابزار جستجوی محلی سازگاری محلیRNA - اسید ریبونوکلئیکribonucleic acid - اسید ریبونوکلئیکBlast - انفجارGene expression - بیان ژنRNA-sequencing - توالی RNAExpressed sequence tags - تگ های توالی بیان شدهbase pair - جفت پایهKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایره المعارف ژنتیک ژن ها و ژنوم کیوتوCytochrome P450 - سیتوکروم پی۴۵۰auxin response factors - عوامل پاسخ اکسینAHP - فرایند تحلیل سلسلهمراتبیOpen reading frames - فریم های خواندن را باز کنیدGene ontology - هستیشناسی ژنیquantitative real-time PCR - واکنش زنجیره ای پلیمراز واقعی در زمان واقعیArfs - وراثتPIN - پینDifferentially expressed genes - ژن های متفاوت بیان شده استGinkgo biloba - کهن دار، جینکو، ژینکو بیلوبا
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
The Ginkgo biloba L. chichi is a unique organ. To explore the molecular mechanisms underlying the ontogenesis of G. biloba chichi, we used RNA-seq to analyse the transcriptome profile of rooted chichi at two developmental stages (ch1 and ch2) and nearby tissues (ck), and each sample had three biological replicates. A total of 57.74â¯Gb of clean bases were generated in nine cDNA libraries. These bases were de novo assembled into 68,277 unigenes with average length of 844â¯bp, and 51.47% of the unigenes had a match in at least one public database. The differentially expressed genes (DEGs) in ch1 vs. ck and ch2 vs. ck were 2748 and 8594, respectively. The DEGs involved in the auxin signal pathway, auxin polar transport, storage-related proteins, and the cell cycle pathway might play roles in the ontogenesis of chichi. The quantitative real-time PCR results were closely correlated with transcriptome data. The transcriptome resources generated in the current study provide gene expression profiles and differential expression profiles of G. biloba chichi and offer an essential resource to probe the molecular mechanisms underlying the ontogenesis of G. biloba chichi.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 669, 30 August 2018, Pages 8-14
Journal: Gene - Volume 669, 30 August 2018, Pages 8-14
نویسندگان
Xiaojing Liu, Limin Sun, Qikui Wu, Xiaoyan Men, Linmei Yao, Shiyan Xing,