کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10231529 1206 2013 12 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels
ترجمه فارسی عنوان
ابزارهای نرم افزاری برای شناسایی، تجسم و تجزیه و تحلیل تونل ها و کانال های پروتئین
کلمات کلیدی
تونل، کانال، پور، مسیر لیگاند اتصال، حمل و نقل لیگاند، ورودی بستر، انتشار محصول، طراحی پروتئین، مهندسی پروتئین،
ترجمه چکیده
ساختارهای پروتئین شامل سیستم های بسیار پیچیده ای از حفره ها، ساختن ویژگی های خاص مانند شکاف های سطح یا شیارها، جیب ها، پیشانی ها، حفره ها، منافذ یا کانال ها و تونل ها است. بسیاری از آنها برای مهاجرت حلالها، یونها و مولکول های کوچک از طریق پروتئین ها و اتصال آنها به سایت های کاربردی ضروری هستند. تجزیه و تحلیل این ویژگی های ساختاری برای درک روابط ساختار-عملکرد برای طراحی بازدارنده های بالقوه یا پروتئین ها با ویژگی های عملکردی بسیار مهم اهمیت دارد. در اینجا ما به طور انتقادی از ابزارهای نرم افزاری موجود برای شناسایی سریع، تجسم، تجزیه و تحلیل و طراحی تونل ها و کانال های پروتئینی استفاده می کنیم. نقاط قوت و ضعف ابزارهای فردی همراه با نمونه هایی از برنامه های کاربردی آنها برای تجزیه و تحلیل و مهندسی سیستم های مختلف بیولوژیکی گزارش شده است. این بررسی می تواند به کاربران کمک کند تا یک ابزار نرم افزاری مناسب برای مطالعه مشکلات بیولوژیکی خود و همچنین راه های ممکن برای توسعه بیشتر ابزارهای موجود را تشریح کند. توسعه مستندات جدید نشان دهنده نه تنها هندسه بلکه الکترواستاتیک، هیدروفوبیت یا پویایی نیز برای شناسایی قابل اعتماد از تونل ها و کانال های مرتبط با زیست شناسی ضروری است.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی شیمی بیو مهندسی (مهندسی زیستی)
پیش نمایش مقاله
ابزارهای نرم افزاری برای شناسایی، تجسم و تجزیه و تحلیل تونل ها و کانال های پروتئین
چکیده انگلیسی
Protein structures contain highly complex systems of voids, making up specific features such as surface clefts or grooves, pockets, protrusions, cavities, pores or channels, and tunnels. Many of them are essential for the migration of solvents, ions and small molecules through proteins, and their binding to the functional sites. Analysis of these structural features is very important for understanding of structure-function relationships, for the design of potential inhibitors or proteins with improved functional properties. Here we critically review existing software tools specialized in rapid identification, visualization, analysis and design of protein tunnels and channels. The strengths and weaknesses of individual tools are reported together with examples of their applications for the analysis and engineering of various biological systems. This review can assist users with selecting a proper software tool for study of their biological problem as well as highlighting possible avenues for further development of existing tools. Development of novel descriptors representing not only geometry, but also electrostatics, hydrophobicity or dynamics, is needed for reliable identification of biologically relevant tunnels and channels.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biotechnology Advances - Volume 31, Issue 1, January–February 2013, Pages 38-49
نویسندگان
, , , , , ,