کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10766456 | 1050646 | 2009 | 5 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A steered molecular dynamics method with adaptive direction adjustments
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله

چکیده انگلیسی
In this paper, a new steered molecular dynamics (SMD) method with adjusting pulling direction is proposed to search an optimum trajectory of ligand dissociation. A multiobjective model and a searching technique based on information entropy with multi-population are developed to optimize the pulling direction. The improved method has been used to dissociate the substrate-bound complex structure of cytochrome P450 3A4-metyrapone. A more favorable dissociation pathway can be gained. The results show that the new pathway obtained by the proposed method has less dissociation time, smaller rupture force and lower energy barrier than that by the conventional SMD.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biochemical and Biophysical Research Communications - Volume 379, Issue 2, 6 February 2009, Pages 494-498
Journal: Biochemical and Biophysical Research Communications - Volume 379, Issue 2, 6 February 2009, Pages 494-498
نویسندگان
Kun Yang, Xinli Liu, Xicheng Wang, Hualiang Jiang,