کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10963731 1102692 2015 6 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Prospective on multiscale simulation of virus-like particles: Application to computer-aided vaccine design
ترجمه فارسی عنوان
چشم انداز شبیه سازی چند بعدی از ذرات ویروس مانند: کاربرد در طراحی واکسن با استفاده از کامپیوتر
کلمات کلیدی
ذرات ویروس مانند، دینامیک مولکولی، فاکتور چند ضلعی، طراحی واکسن با استفاده از کامپیوتر،
ترجمه چکیده
شبیه سازی ذرات ویروس مانند مورد نیاز برای طراحی واکسن با استفاده از کامپیوتر، نیازمند الگوریتم های جدیدی است که دینامیک مولکولی را سرعت می بخشد. چنین شبیه سازی ها از طریق پویایی مولکولی رایج، به دلیل میلیون ها اتم درگیر و زمانبندی طولانی پدیده های مورد علاقه، یک چالش عملی است. این پدیده ها شامل انتقال ساختاری، خودآموزی و تعامل با سطح سلولی است. یک رویکرد امیدوار کننده برای حل این چالش، تقسیم بندی چند بعدی است. رویکرد متمایز از تکنیک های دانه درشت است که (1) اجتناب از نیاز به حاکم بر معادلات حاکم بر پدیده شناسی برای متغیرهای درشت دانه، (2) فراهم می کند شبیه سازی با وضوح اتمی، (3) قطاری متقاطع بین اختلالات در مقادیر ذره ای اتمی و کل ویروس، و (4) سرعت قابل ملاحظه ای نسبت به دینامیک مولکولی به دست می آید. بررسی خلاصه ای از روش فاکتورسازی چند بعدی ارائه شده است، همانطور که آینده ای در مورد توسعه آن است.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری ایمنی شناسی و میکروب شناسی ایمونولوژی
پیش نمایش مقاله
چشم انداز شبیه سازی چند بعدی از ذرات ویروس مانند: کاربرد در طراحی واکسن با استفاده از کامپیوتر
چکیده انگلیسی
Simulations of virus-like particles needed for computer-aided vaccine design highlight the need for new algorithms that accelerate molecular dynamics. Such simulations via conventional molecular dynamics present a practical challenge due to the millions of atoms involved and the long timescales of the phenomena of interest. These phenomena include structural transitions, self-assembly, and interaction with a cell surface. A promising approach for addressing this challenge is multiscale factorization. The approach is distinct from coarse-graining techniques in that it (1) avoids the need for conjecturing phenomenological governing equations for coarse-grained variables, (2) provides simulations with atomic resolution, (3) captures the cross-talk between disturbances at the atomic and the whole virus-like particle scale, and (4) achieves significant speedup over molecular dynamics. A brief review of multiscale factorization method is provided, as is a prospective on its development.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Vaccine - Volume 33, Issue 44, 4 November 2015, Pages 5890-5896
نویسندگان
, , , ,