کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
1981124 | 1061901 | 2008 | 13 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Transcription of DNA containing the 5-guanidino-4-nitroimidazole lesion by human RNA polymerase II and bacteriophage T7 RNA polymerase
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
T7RNAP1,N2-ethenoguanineDNAPRNAPFPGBERHEPESPAGERT-PCRIPTGDTTTCr4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid - 4- (2-hydroxyethyl) -1-piperazineethanesulfonic acidBSA - BSAO2− - O2-O6-methylguanine - O6-متیل گوانینO6-MeG - O6-مگONOO− - ONOO-T7 RNA polymerase - T7 RNA پلیمرازRNA polymerase - آرانای پلیمراز، RNA پلیمراز DNA damage - آسیبDNAbovine serum albumin - آلبومین سرم گاوsuperoxide anion - آنیون سوپر اکسیدEDTA - اتیلن دی آمین تترا استیک اسید ethylene diamine tetraacetic acid - اتیلن دیامین تتراستیک اسیدpolyacrylamide gel electrophoresis - الکتروفورز ژل پلی آکریل آمیدisopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside - ایزوپروپیل β-D-1-thiogalactopyranosideTranscription-coupled repair - تعمیر رونویسی همراهbase excision repair - تعمیر پایه پایهMolecular dynamics - دینامیک ملکولی یا پویایی مولکولیDNA polymerase - دیانای پلی مراز، DNA پلیمرازdithiothreitol - دیتیوتریتولTranscription - رونویسیFormamidopyrimidine-DNA glycosylase - فرمامینیدوپیریمیدین DNA گلیسوزیلازMolecular modeling - مدل سازی مولکولیQuantum mechanics - مکانیک کوانتومNitric oxide - نیتریک اکسیدReverse transcriptase-polymerase chain reaction - واکنش زنجیره ای واکنش زنجیره ای واکنش زنجیره ایPeroxynitrite - پروکسی نیتریت
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Damage in transcribed DNA presents a challenge to the cell because it can partially or completely block the progression of an RNA polymerase, interfering with transcription and compromising gene expression. While blockage of RNA polymerase progression is thought to trigger the recruitment of transcription-coupled DNA repair (TCR), bypass of the lesion can also occur, either error-prone or error-free. Error-prone transcription is often referred to as transcriptional mutagenesis (TM). Elucidating why some lesions pose blocks to transcription elongation while others do not remains a challenging problem. As part of an effort to understand this, we studied transcription past a 5-guanidino-4-nitroimidazole (NI) lesion, using two structurally different RNA polymerases, human RNA polymerase II (hRNAPII) and bacteriophage T7 RNA polymerase (T7RNAP). The NI damage results from the oxidation of guanine in DNA by peroxynitrite, a well known, biologically important oxidant. It is of structural interest because it is a ring-opened and conformationally flexible guanine lesion. Our results show that NI acts as a partial block to T7RNAP while posing a major block to hRNAPII, which has a more constrained active site than T7RNAP. Lesion bypass by T7RNAP induces base misincorporations and deletions opposite the lesion (C > A > â1 deletion >G â U), but hRNAPII exhibits error-free transcription although lesion bypass is a rare event. We employed molecular modeling methods to explain the observed blockage or bypass accompanied by nucleotide incorporation opposite the lesion. The results of the modeling studies indicate that NI's multiple hydrogen-bonding capabilities and torsional flexibility are important determinants of its effect on transcription in both enzymes. These influence the kinetics of lesion bypass and may well play a role in TM and TCR in cells.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: DNA Repair - Volume 7, Issue 8, 2 August 2008, Pages 1276-1288
Journal: DNA Repair - Volume 7, Issue 8, 2 August 2008, Pages 1276-1288
نویسندگان
Alexandra Dimitri, Lei Jia, Vladimir Shafirovich, Nicholas E. Geacintov, Suse Broyde, David A. Scicchitano,