Différentes méthodes de typage des souches de Pseudomonas aeruginosa isolées des patients atteints de mucoviscidose

RésuméLes méthodes de typage sont essentielles pour comprendre l’épidémiologie des infections bactériennes. Le typage des souches est important pour détecter les voies et la source de l’infection, connaître les souches épidémiques et endémiques et prévenir la transmission de l’infection entre les patients. Certaines souches de Pseudomonas aeruginosa, isolées des patients avec une mucoviscidose, n’étaient pas typables avec les méthodes conventionnelles. À cause de la nature diversifiée du phénotype de P. aeruginosa, ces méthodes de typage ne sont pas suffisamment discriminatoires pour identifier les souches génétiquement similaires. À cet égard, les méthodes de typage moléculaire sont nécessaires. Ces méthodes devraient être adoptées quand l’analyse des données du phénotypage devient ambiguë, comme c’est le cas dans la mucoviscidose. Les méthodes moléculaires développées depuis la décennie passée se distinguent par leur pouvoir discriminatoire élevé et leur reproductibilité. Cependant, elles sont coûteuses et laborieuses et leur application n’est plus souvent possible que dans des laboratoires spécialisés. Un système de typage fiable et de coût raisonnable est exigé pour mieux définir l’épidémiologie de ce pathogène et concevoir des politiques plus rationnelles dans le contrôle de l’infection. La comparaison entre les méthodes de typage mettra le point sur les limites et l’efficacité de chaque méthode et permettra à son tour d’améliorer le choix du laboratoire en terme de simplicité, temps et coût.

Typing methods are essential to understand the epidemiology of bacterial infections. Strain typing is important for the detection of sources or routes of infections, identification between endemic and epidemic strains and prevention of transmission between patients. Some Pseudomonas aeruginosa cystic-fibrosis strains could not be typed with conventional typing methods. Due to the diverse phenotypic nature of P. aeruginosa, phenotyping methods are not discriminatory enough to identify strains belonging to the same genotype. Thus, molecular typing methods are required. These methods should be applied when data from phenotypic typing analysis becomes ambiguous, such as in cystic fibrosis. Molecular typing methods, developed over the past decade, are highly discriminatory in capacity and reproducibility. However, they are more likely applied in specialized laboratories since they are expensive and increase the workload. A reliable and low-cost typing system is required for better defining the epidemiology of this pathogen and designing more rational policies of infection control. Comparison between typing methods will pinpoint the limits and effectiveness of each method and will improve in turn the choice of a nonspecialized laboratory in terms of simplicity, time and cost.