Détection de la colonisation par Streptococcus agalactiae : étude prospective comparant l'amplification génique en temps réel à un nouveau milieu chromogène Strepto B ID

RésuméNous avons réalisé une étude prospective portant sur 554 frottis vaginaux testés simultanément pour le dépistage du portage de streptocoques du groupe B (SGB ou Streptococcus agalactiae) par culture sur le milieu chromogène Strepto B ID (Biomérieux, Marcy l'Étoile, France) et par amplification génique en temps réel sur LightCycler (Roche Applied Science). Les écouvillons sont centrifugés au moyen du dispositif « SETS » et les centrifugats séparés en deux parties : ceux destinés à la culture, les autres à la biologie moléculaire. La première moitié du centrifugat est inoculée dans un bouillon Todd-Hewitt + antibiotiques, puis repiquée après 24 heures d'incubation à 35 °C sur un milieu Strepto B ID. Ce dernier est de nouveau incubé pendant 24 heures à 35 °C en atmosphère capnophile. L'extraction de l'ADN pour la biologie moléculaire est obtenue par un simple chauffage des microtubes au bain-marie à 95 °C. Le gène amplifié est le gène cfb, permettant une amplification génique spécifique du SGB même au sein d'une flore d'accompagnement polymorphe. La concordance entre les deux méthodes est de 94,8 %. Les sensibilités et valeurs prédictives négatives obtenues sont respectivement de 88,0 et 97,4 % pour la PCR en temps réel et de 83,0 et 96,4 % pour la culture sur milieu Strepto B ID. Les deux méthodes sont concordantes, de sensibilités équivalentes et valables pour le dépistage de SGB chez la femme enceinte. L'amplification génique en temps réel offre cependant l'avantage de réduire fortement le délai de réponse, l'ensemble du processus (extraction + amplification) prenant moins d'une heure.

We carried out a prospective study including 554 vaginal swabs simultaneously tested for antenatal screening of Group B Streptococcus (GBS or Streptococcus agalactiae) using culture on the chromogenic medium Strepto B ID (Biomérieux, Marcy l'Etoile, France) and real time gene amplification on LightCycler (Roche Applied Science). We centrifuge the swabs with “SETS” device and separate centrifugates in 2 parts: one for the culture and the other one for molecular biology. First half of the centrifugate is inoculated onto Todd-Hewitt broth enriched with antibiotics. This broth is incubated to 35 °C during 24 hours and then subcultured on a Strepto B ID medium. This last one is incubated during 24 hours to 35 °C in capnophilic conditions before interpretation. DNA extraction for molecular biology is simply obtained by heating the microtubes to 95 °C in a water bath. The cfb gene is amplified, allowing a specific gene amplification of GBS even within a polymorphic flora. The concordance between both methods is 94.8%. The sensitivity and negative predictive values obtained are respectively 88.0 and 97.4% for real time PCR and 83.0 and 96.4% for culture on Strepto B ID. Both methods are thus concordant, with equal sensitivity and valid for detection of GBS colonization in pregnant women. However real time gene amplification allows reducing turn around time since molecular biology process (extraction + amplification) does not exceed 1 hour.