Détection directe et rapide du portage de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline par extraction automatisée de l'acide nucléique et PCR en temps réel

RésuméNous avons développé une stratégie de dépistage des Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM) par PCR en temps réel capable de fournir un résultat endéans les trois heures. L'amplification génique reconnaît un fragment de 184 pb correspondant à la région de jonction entre les gènes mecA et orfX ce qui permet une identification spécifique des SARM dans un prélèvement non stérile. Mille quatre cent quatre-vingt-un écouvillons nasaux prélevés chez des patients des services de gériatrie, de dialyse et de soins intensifs ont été comparés à la bactériologie classique. Une courte centrifugation, préalable à l'extraction, avec le dispositif « SETS » permet une récupération de l'échantillon. L'extraction de l'ADN est réalisée par l'automate MagNA Pure LC et la réaction d'amplification par le LightCycler. La concordance entre les deux méthodes est de 97,7 %. Une étude de sensibilité et spécificité sur 1111 échantillons donne respectivement 75 et 98 % pour la PCR en temps réel et 64 et 99 % pour la culture. La stratégie de dépistage rapide et efficace que nous proposons est d'un apport indéniable dans la lutte contre les infections à SARM.

We have developed a real time PCR assay for methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) screening able to provide a result in less than 3 h. The PCR amplifies a 184 bp fragment corresponding to the junction area between mecA and orfX genes that allows specific identification of MRSA in a nonsterile specimen. 1481 nasal swabs taken from geriatrics, dialysis and intensive care patients were compared with traditional bacteriology. A short centrifugation, preliminary to the extraction, with “SETS” system allows a recovery of the sample. The automated DNA extraction is carried out by the MagNA Pure LC and the PCR by the LightCycler. The agreement between the two methods is 97.7%. A study of sensitivity and specificity on 1111 samples respectively gives 75 and 98% for the real time PCR and, 64 and 99% for the culture. The strategy of fast and effective tracking that we propose is of an undeniable contribution in the fight against the MRSA infections.