کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
431646 | 688602 | 2012 | 12 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Efficient chaining of seeds in ordered trees
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
نظریه محاسباتی و ریاضیات
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
We consider the problem of chaining seeds in ordered trees. Seeds are mappings between two trees Q and T and a chain is a subset of non-overlapping seeds that is consistent with respect to postfix order and ancestrality. This problem is a natural extension of a similar problem for sequences, and has applications in computational biology, such as mining a database of RNA secondary structures. For the chaining problem with a set S of m seeds of cumulated size ‖S‖‖S‖, we describe an algorithm with complexity O(‖S‖log(‖S‖)+m‖S‖log(m))O(‖S‖log(‖S‖)+m‖S‖log(m)) in time and O(m‖S‖)O(m‖S‖) in space.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 14, July 2012, Pages 107–118
Journal: Journal of Discrete Algorithms - Volume 14, July 2012, Pages 107–118
نویسندگان
Julien Allali, Cedric Chauve, Pascal Ferraro, Anne-Laure Gaillard,