A species-specific method for detecting pathogenic Streptomyces species from soil and potato tubers in Argentina

Potato common scab is caused by several soil-inhabiting pathogenic Streptomyces species. In the present study, a species-specific PCR method was used to detect Streptomyces species in potato tuber lesions and soils. Total genomic DNA from soil samples from six locations and tuber samples from four potato cultivars (Spunta, Shepody, Innovator and Russet Burbank) were assessed. Streptomyces scabies, Streptomyces acidiscabies, and Streptomyces turgidiscabies were detected in soybean, tobacco and potato soils and in all potato varieties except Russet Burbank. The phylogenetic analysis of the sequences obtained confirmed the identification. The method proposed proved to be time-saving and cost effective for the rapid detection of Streptomyces species. This is the first report of the detection of S. acidiscabies and S. turgidiscabies in soils and potato tubers from Argentina.

ResumenLa sarna común de la papa es causada por varias especies patogénicas de Streptomyces habitantes del suelo. En el presente estudio se utilizó un método basado en PCR especie-específico para detectar las especies de Streptomyces presentes en lesiones de tubérculos de papa y suelos. Se extrajo ADN genómico total de muestras de suelo de seis localidades y cuatro cultivares de papa (Spunta, Shepody, Innovator y Russet Burbank).Streptomyces scabies, Streptomyces acidiscabies y Streptomyces turgidiscabies fueron detectadas en suelos cultivados con soja, tabaco y papa, y además, en todas las variedades de papa excepto las de Russet Burbank. El análisis filogenético de las secuencias confirmó las identificaciones. Se comprobó que el método propuesto brinda una rápida detección de las especies de Streptomyces. Este es el primer informe sobre la detección de S. acidiscabies y S. turgidiscabies en suelos y tubérculos de papa de Argentina.