کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
4500769 | 1320021 | 2008 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
WSE, a new sequence distance measure based on word frequencies
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
In this article, we present a new distance metric, the Weighted Sequence Entropy (WSE), based on the short word composition of biological sequences. As a revision of the classical relative entropy (RE), our metric (1) works equivalently with RE in the case of small k , (2) avoids the degeneracy when some word types are absent in one sequence but not in the other. Experiments on 25 viruses including SARS-CoVs show that our method and RE give exactly the same phylogenetic tree when word length k⩽3k⩽3. When k>3k>3, our method still works and gets convergent phylogenetic topology but the RE gives degenerate results.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Mathematical Biosciences - Volume 215, Issue 1, September 2008, Pages 78–83
Journal: Mathematical Biosciences - Volume 215, Issue 1, September 2008, Pages 78–83
نویسندگان
Jun Wang, Xiaoqi Zheng,