کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5905717 | 1159926 | 2014 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Transcriptome analysis of grain-filling caryopses reveals the potential formation mechanism of the rice sugary mutant
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
DBEPPDKBT2RPKMADP glucose pyrophosphorylaseSH2SBEeEF1AAGPaseGBSSdisproportionating enzymeDEGsqRT-PCRDAFADP-glucose pyrophosphorylaseRNA-seqFDRDPE - ECDstarch branching enzyme - آنزیم شاخه ای نشاسته ای استDebranching enzyme - آنزیم پوسته پوسته شدنRice - برنجreads per kb per million reads - به ازای هر میلیون نسخه خوانده می شودSerial analysis of gene expression - تجزیه و تحلیل سریال بیان ژنTranscriptome - ترانسکریپتومRNA sequencing - ترتیب RNAfold change - تغییر در برابرSAGE - حکیمKEGG یا Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایرة المعارف ژن ها و ژنوم کیوتو Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایره المعارف ژنتیک ژن ها و ژنوم کیوتوdegree of polymerization - درجه پلیمریزاسیونday after flowering - روز بعد از گلPhosphorylase - فسفریلاسpho - فوfalse discovery rate - میزان کشف کاذبstarch synthase - نشاسته سنتازgranule-bound starch synthase - نشاسته سنتاز دانه گرانولGene ontology - هستیشناسی ژنیquantitative real-time PCR - واکنش زنجیره ای پلیمراز واقعی در زمان واقعیPyruvate orthophosphate dikinase - پیرووات ورتوفسفات دی کینازDifferentially expressed genes - ژن های متفاوت بیان شده است
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
A sugary mutant with low total starch and high sugar contents was compared with its wild type Sindongjin for grain-filling caryopses. In the present study, developing seeds of Sindongjin and sugary mutant from the 11th day after flowering (DAF) were subjected to RNA sequencing (RNA-Seq). A total of 30,385 and 32,243 genes were identified in Sindongjin and sugary mutant. Transcriptomic change analysis showed that 7713 differentially expressed genes (DEGs) (log2 fold change â¥Â 1, false discovery rate (FDR) â¤Â 0.001) were identified based on our RNA-Seq data, with 7239 genes up-regulated and 474 down-regulated in the sugary mutant. A large number of DEGs were found related to metabolic, biosynthesis of secondary metabolites, plant-pathogen interaction, plant hormone signal transduction and starch/sugar metabolism. Detailed pathway dissection and quantitative real time PCR (qRT-PCR) demonstrated that most genes involved in sucrose to starch synthesis are up-regulated, whereas the expression of the ADP-glucose pyrophosphorylase small subunit (OsAGPS2b) catalyzing the first committed step of starch biosynthesis was specifically inhibited during the grain-filling stage in sugary mutant. Further analysis suggested that the OsAGPS2b is a considerable candidate gene responsible for phenotype of sugary mutant.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 546, Issue 2, 10 August 2014, Pages 318-326
Journal: Gene - Volume 546, Issue 2, 10 August 2014, Pages 318-326
نویسندگان
Feng-peng Li, Min-Young Yoon, Gang Li, Won-Hee Ra, Jae-Wan Park, Soon-Jae Kwon, Soon-Wook Kwon, Il-Pyung Ahn, Yong-Jin Park,