Using comparative genomics to drive new discoveries in microbiology

بیوانفورماتیک به نظر بسیاری از میکروبیولوژیست ها مانند صنعت خدماتی است. در این دیدگاه، حاشیه نویسی با آنچه که از آزمایشات آزمایشگاهی شناخته می شود شروع می شود، نتیجه های منطقی که ژن ها با سایر ژن ها در عملکرد سازگاری دارند، ایجاد می کند، پایگاه های داده ای را ایجاد می کند تا همه چیز را در دسترس ما ببیند، اما هیچ چیز جدیدی ایجاد نمی کند. آزمایشات منجر به آن می شود، سپس بیولوژیک و زیست شناسی محاسباتی دنبال می شوند. اما موفقیت عظیم توالی ژنوم در حال تغییر پارادایم حاشیه نویسی است. هر ژنوم توالی شده یک پیغام رمزگذاری شده از دنیای میکروبی است و همانطور که همه شناخته می شود، رمزگشایی هزار پیام از یک پیام واحد آسان تر است. برخی از زیست شناسی بهتر است نه توسط پدیده شناسی، بلکه با رمزگشایی محتوی ژنوم، شکل گیری فرضیه ها و انجام چند دور اول اعتبار سنجی محاسباتی. از طریق چنین استدلال، یک نقش و عملکرد ممکن است به یک پروتئین اختصاص یابد که هیچ شباهتی به هر پروتئینی وجود ندارد که مورد بررسی قرار گرفته است. آزمایشات بعد از کشف سیمان و گسترش یافته ها می توانند ادامه یابند. متاسفانه این رویکرد به بسیاری از دانشمندانی که آزمایشگاه کار می کنند و ژنومیک مقایسه ای به طور متمایز به تیم های مختلفی که در پروژه های غیر مرتبط با یکدیگر کار می کنند، ناشناخته است. این بررسی چندین موضوع را در ژنومیک مقایسه ای به عنوان یک روش کشف، از جمله داده های بسیار مشتق شده، استفاده از الگوهای طراحی به علت به صورت مشابه و در آزمایش سیلیکون از فرضیه های محاسباتی ایجاد خواهد کرد.