کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6372094 | 1319964 | 2013 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Generation of RNA pseudoknot structures with topological genus filtration
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
In this paper we present a sampling framework for RNA structures of fixed topological genus. We introduce a novel, linear time, uniform sampling algorithm for RNA structures of fixed topological genus g, for arbitrary g>0. Furthermore we develop a linear time sampling algorithm for RNA structures of fixed topological genus g that are weighted by a simplified, loop-based energy functional. For this process the partition function of the energy functional has to be computed once, which has O(n2) time complexity.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Mathematical Biosciences - Volume 245, Issue 2, October 2013, Pages 216-225
Journal: Mathematical Biosciences - Volume 245, Issue 2, October 2013, Pages 216-225
نویسندگان
Fenix W.D. Huang, Markus E. Nebel, Christian M. Reidys,