کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
6920004 | 863596 | 2015 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
An extended-Lagrangian scheme for charge equilibration in reactive molecular dynamics simulations
ترجمه فارسی عنوان
یک طرح گسترده-لاگرانژی برای تعادل شارژ در شبیه سازی دینامیک واکنش پذیر مولکولی
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
دینامیک مولکولی واکنشی، طرح لاگرانژی توسعه یافته، محاسبات موازی،
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
شیمی
شیمی تئوریک و عملی
چکیده انگلیسی
Reactive molecular dynamics (RMD) simulations describe chemical reactions at orders-of-magnitude faster computing speed compared with quantum molecular dynamics (QMD) simulations. A major computational bottleneck of RMD is charge-equilibration (QEq) calculation to describe charge transfer between atoms. Here, we eliminate the speed-limiting iterative minimization of the Coulombic energy in QEq calculation by adapting an extended-Lagrangian scheme that was recently proposed in the context of QMD simulations, Souvatzis and Niklasson (2014). The resulting XRMD simulation code drastically improves energy conservation compared with our previous RMD code, Nomura et al. (2008), while substantially reducing the time-to-solution. The XRMD code has been implemented on parallel computers based on spatial decomposition, achieving a weak-scaling parallel efficiency of 0.977 on 786,432 IBM Blue Gene/Q cores for a 67.6 billion-atom system.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Computer Physics Communications - Volume 192, July 2015, Pages 91-96
Journal: Computer Physics Communications - Volume 192, July 2015, Pages 91-96
نویسندگان
Ken-ichi Nomura, Patrick E. Small, Rajiv K. Kalia, Aiichiro Nakano, Priya Vashishta,