کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8293631 | 1536746 | 2018 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Efficient potential of mean force calculation from multiscale simulations: Solute insertion in a lipid membrane
ترجمه فارسی عنوان
پتانسیل کارآمد محاسبه میانگین نیرو از طریق شبیه سازی چندسطحی: قرار دادن حل در یک غشای چربی
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
dMPCMACSPoPCDOPC1-palmitoyl-2-oleoylphosphatidylcholine - 1-پالمیتویل-2-اولئویف فسفاتیدیل کولین1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine - 1،2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphosocholine1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine - 1،2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholineAll-atom - اتم تمام اتمcoarse-grained - درشت دانهMolecular dynamics - دینامیک ملکولی یا پویایی مولکولیMultiscale simulations - شبیه سازی چند بعدیEnhanced sampling - نمونه گیری پیشرفتهPotential of mean force - پتانسیل نیروی متوسط
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
چکیده انگلیسی
The determination of potentials of mean force for solute insertion in a lipid membrane by means of all-atom molecular dynamics simulations is often hampered by sampling issues. Recently, a multiscale method has been proposed to leverage the conformational ensemble of a lower-resolution model as starting point for higher resolution simulations. In this work, we analyze the efficiency of this method by comparing its predictions for propanol insertion into a lipid membrane against conventional atomistic umbrella sampling simulation results. The multiscale approach is confirmed to provide accurate results with a gain of one order of magnitude in computational time. We then investigate the role of the coarse-grained representation. We find that the accuracy of the results is tightly connected to the presence of a good configurational overlap between the coarse-grained and atomistic models-a general requirement when developing multiscale simulation methods.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biochemical and Biophysical Research Communications - Volume 498, Issue 2, 29 March 2018, Pages 282-287
Journal: Biochemical and Biophysical Research Communications - Volume 498, Issue 2, 29 March 2018, Pages 282-287
نویسندگان
Roberto Menichetti, Kurt Kremer, Tristan Bereau,