کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8340206 | 1541219 | 2016 | 12 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
High-throughput sequencing for 1-methyladenosine (m1A) mapping in RNA
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
NGSTLCPAGEDMSCMCTRNA modification - اصلاح RNApolyacrylamide gel electrophoresis - الکتروفورز ژل پلی آکریل آمیدHigh-throughput sequencing - توالی انتخابی بالاNext generation sequencing - توالی نسل بعدیRandom forest - جنگلهای تصادفی یا جنگلهای تصمیم تصادفیdimethylsulfate - دی متیل سولفاتreverse transcription - رونویسی معکوسthin layer chromatography - کروماتوگرافی لایه نازکhigh-pressure liquid chromatography - کروماتوگرافی مایع با فشار بالاHPLC - کروماتوگرافی مایعی کارا
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Detection and mapping of modified nucleotides in RNAs is a difficult and laborious task. Several physico-chemical approaches based on differential properties of modified nucleotides can be used, however, most of these methods do not allow high-throughput analysis. Here we describe in details a method for mapping of rather common 1-methyladenosine (m1A) residues using high-throughput next generation sequencing (NGS). Since m1A residues block primer extension during reverse transcription (RT), the accumulation of abortive products as well as the nucleotide misincorporation can be detected in the sequencing data. The described library preparation protocol allows to capture both types of cDNA products essential for further bioinformatic analysis. We demonstrate that m1A residues produce characteristic arrest and mismatch rates and combination of both can be used for their detection as well as for discrimination of m1A from other modified A residues present in RNAs.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 107, 1 September 2016, Pages 110-121
Journal: Methods - Volume 107, 1 September 2016, Pages 110-121
نویسندگان
Lyudmil Tserovski, Virginie Marchand, Ralf Hauenschild, Florence Blanloeil-Oillo, Mark Helm, Yuri Motorin,