کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8384105 | 1543465 | 2006 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Prediction of the deleterious nsSNPs in ABCB transporters
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
DDIRPLSABCBNon-synonymous SNPsBERRSASIFTASASVRMCC3-dimensional - 3 بعدیnsSNPs - nsSNP هاLinear discriminant analysis - تجزیه و تحلیل خطی خطیLDA - تخصیص پنهان دیریکلهdrug–drug interaction - تعامل دارو و داروabsorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity - جذب، توزیع، متابولیسم، دفع و سمیتRelative solvent accessibility - دسترسی پذیری نسبیSupport vector regression - رگرسیون بردار پشتیبانیaccessible surface area - سطح دسترسی قابل دسترسSorting Intolerant From Tolerant - مرتب کردن غیر قابل تحمل از تحملSingle nucleotide polymorphism - پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدیSNP - چندریختی تک-نوکلئوتید
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
دانش گیاه شناسی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
The non-synonymous SNPs (nsSNPs) in coding regions, neutral or deleterious, could lead to the alteration of the function or structure of proteins. We have developed the computational models to analyze the deleterious nsSNPs in the transporters and predict ones in ABCB (ATP-binding cassette B) transporters of interest. The RPLS (ridge partial least square) and LDA (linear discriminant analysis) methods were applied to the problem, by training on a selection of datasets from a specified source, i.e., human transporters. The best combination of datasets and prediction attributes was ascertained. The prediction accuracy of the theoretical RPLS model for the training and testing sets is 84.8% and 80.4%, respectively (LDA: 84.3% and 80.4%), which indicates the models are reasonable and may be helpful for pharmacogenetics studies.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: FEBS Letters - Volume 580, Issue 30, 22 December 2006, Pages 6800-6806
Journal: FEBS Letters - Volume 580, Issue 30, 22 December 2006, Pages 6800-6806
نویسندگان
Yanhong Li, Yonghua Wang, Yan Li, Ling Yang,