Bisulfite genomic sequencing to uncover variability in DNA methylation: Optimized protocol applied to human T cell differentiation genes

La metilación del ADN es uno de los mecanismos epigenéticos que las células usan para controlar la expresión génica. La metilación del ADN es muy importante en varios procesos biológicos (como en el desarrollo embrionario y en la proliferación y diferenciación celular) y este hecho ha generado la necesidad de desarrollar métodos precisos y eficientes que determinen el estado exacto de metilación del ADN en los diferentes genes. La secuenciación de ADN genómico tratado con bisulfito es la tecnología de referencia para el análisis de la metilación del ADN ya que genera resultados con una resolución de hasta una base en la secuencia del ADN. El protocolo inicial ha sufrido numerosas modificaciones a lo largo del tiempo que han mejorado significativamente la sensibilidad y especificidad del método. El objetivo de este artículo es hacer una revisión de los protocolos de la secuenciación del ADN genómico con bisulfito y discutir los aspectos críticos de la metodología. Dado que en nuestro grupo estamos interesados en estudiar el estado de metilación de genes involucrados en la diferenciación de linfocitos T, hemos aplicado este protocolo para el estudio del grado de metilación del gen CD8A, determinando que se metila diferencialmente dependiendo del tejido estudiado. En conclusión, este trabajo propone un protocolo de secuenciación de ADN genómico tratado con bisulfito, fruto de revisar las múltiples variantes que existen de esta tecnología, que puede ser útil en el análisis cuantitativo del grado de metilación de islas CpG de genes específicos.