Une histoire de géométrie et de finesse (ou : comment parler de phylogénétique ?)

RésuméLe développement des méthodes phylogénétiques au début des années 1970 est évoqué au moyen de l’image pascalienne empruntée à Armand de Ricqlès et remontant à 1975 : le triomphe de l’esprit de géométrie sur l’esprit de finesse. L’émergence et la consolidation de la cladistique correspondent à l’esprit de géométrie (le principe de congruence de Hennig – images phylogénétiques congruentes – est emprunté à la géométrie même). Cependant, la finesse anatomique étant garante de la qualité d’une matrice de données taxons × caractères, l’aspect qualitatif des arbres parcimonieux n’a jamais été absent. Les approches statistiques probabilistes, munies de mathématiques sophistiquées, se sont ensuite peu à peu imposées à la suite de débats où les polémiques n’étaient pas absentes. L’omniprésence actuelle des approches moléculaires probabilistes n’est pas sans ambiguïté et pose à nouveau la question de l’alternative : finesse ou géométrie des modèles évolutifs.

The development of phylogenetic methods since the beginning of the 1970s is analyzed through Armand de Ricqlès’ comment, in 1975, on the triumph of the spirit of geometry over the spirit of finesse. Cladistics was then compared to geometry (Hennig's congruence [i.e. congruent character-state trees]). However, the qualitative aspect of anatomy (spirit of finesse) warrants the quality of a taxon × character matrix so that minimal length trees were never devoid of finesse. Statistical approaches, especially maximum likelihood and Bayesian methods, with sophisticated mathematics (more rigorous geometry?), have reached a wide acceptance after years of debates hindered by polemics. The molecular trees based on these approaches are now dominating the phylogenetic literature, although these trees too include some ambiguity so that one can wonder: do evolutionary models belong to geometry or finesse?