Inference and validation of predictive gene networks from biomedical literature and gene expression data

اگر چه روشهای متعددی برای استنتاج شبکههای بیولوژیکی ایجاد شده است، اعتباربخشی مدلهای به دست آمده عمدتا یک مشکل حل نشده باقی مانده است. در اینجا چارچوبی برای ارزیابی کمی از شبکه های متقابل ژن تعریف شده با استفاده از داده های خالی از آزمایشات سلولی ارائه می کنیم. با استفاده از این چارچوب ما می توانیم نشان دهیم که استنتاج شبکه بر اساس یکپارچگی دانش قبلی حاصل از ادبیات زیست پزشکی با داده های ژنومی به طور قابل توجهی کیفیت شبکه های انتزاعی نسبت به سایر رویکردها را بهبود می بخشد. نتایج ما همچنین نشان می دهد که آزمایشات سلولی می تواند به منظور ارزیابی کیفی شبکه هایی که از نمونه های تومور محاسبه شده اند استفاده شود.